Інститут заснований 4 квітня 1936 року Постановою Ради народних комiсарiв СРСР № 632. Первісна його назва «Інститут експериментальної офтальмології», засновником і першим директором якого був академік Володимир Петрович Філатов, чиє ім’я заклад носить з 1945 року. За роки існування інститут багато разів міняв назву. В 1993 році Інститут підпорядкований Академії медичних наук України і зараз називається – Державна установа «Інститут очних хвороб i тканинної терапії iм. В.П. Філатова Національної академії медичних наук України».

Інститут є одним з провідних офтальмологічних центрів Європи та головним в Україні з проблеми офтальмології і тканинної терапії, проводить велику роботу щодо координації наукових досліджень з офтальмології. Основні напрями діяльності інституту: вивчення епідеміології, патогенезу, клініки, розробка методів профілактики, лікування та реабілітації при захворюваннях i пошкодженнях очей i їх наслідків; вивчення механізму дії i розробка нових тканинних препаратів; організація офтальмологічної допомоги населенню України.

Інститут розробляє найбільш актуальні фундаментальні і прикладні проблеми офтальмології із використанням сучасних біохімічних, імунологічних, патоморфологічних, фармакологічних, радіологічних та інших методів дослідження. Приорітетними є розробки інституту з трансплантації тканин, патогенезу і лікуванню опіків очей та їх наслідків, травматичних, вікових, вроджених катаракт, внутрішньоочних сторонніх тіл, відкритокутової глаукоми, відшарування сітківки, пухлин ока та орбіти, увеїтів, вивченню впливу на біологічні об’єкти лазерного випромінювання, ультразвуку, магнітних полів, кріовпливу, з офтальмоендокринології, імунології, тканинної терапії і створенню нових тканинних препаратів та багатьох інших аспектів.

Директори інституту: 1936р. – 1956р. – академік Володимир Петрович Філатов; 1956р. – 1985р. – учениця В.П.Філатова, академік Надія Олександрівна Пучковська; 1985р. – 2003р. – професор Іван Михайлович Логай; з 2004р. – чл.-кор. НАМН України, професор Наталія Володимирівна Пасєчнікова.Зараз в інституті працюють понад 790 співробітників, в тому числі біля 200 наукових працівників і лікарів, з них 1 член-кореспондент НАМН України, 14 професорів, 30 докторів та 65 кандидатів наук. Виконується біля 20 науково-дослідних робіт, в тому числі НДР по лінії міжнародного співробітництва.Інститут має велику клінічну базу – 8 профільних відділень на 480 ліжок. Потужність консультативної поліклініки складає до 700-750 відвідувань за зміну.На базі інституту працюють 5 республіканських центрів: центр увеїтів, центр iзейконiчної корекції, офтальмоонкологічний центр, центр дитячої офтальмології, травматологічний центр. На базі Інституту розташована кафедра офтальмології ФПК Одеського Державного медичного університету, де постійно здійснюється підвищення кваліфікації лікарів – офтальмологів, як співробітників Інституту, так і офтальмологів з усіх областей України.Крім великої клінічної роботи, в 10 наукових лабораторіях інституту проводяться ефективні теоретичні та експериментальні дослідження. Інститут має добру експериментальну базу .

Інститут постійно готує кадри вищої кваліфікації для наукової та практичної роботи (інтернів, клінічних ординаторів, докторантів, аспірантів, стажистів, в тому числі з країн дальнього зарубіжжя). Багато років в Інституті працює спеціалізована Вчена рада з захисту докторських і кандидатських дисертацій. З 1946 року видається «Офтальмологічний журнал». Інститут організує і регулярно проводить на своїй базі з’їзди офтальмологів України, симпозіуми, науково-практичні конференції з міжнародною участю, наради, пленуми Товариства офтальмологів України.

4 квітня 1936 р. Постанова Ради народних комiсарiв СРСР «Об организации в г. Одессе Научно – исследовательского института эксперементальной офтальмологи» // Збірник законів та розпоряджень робітничо-селянського уряду СРСР. -1936. -№ 23 – С. 213-219

(Державний архів Одеської області, бібліотека).

23 травня 1936 р. Договір про право забудування Одеським Державним інститутом Експериментальної Офтальмології земельної дільниці, що знаходиться в м. Одесі, по Пролетарському бульвару № 49-51, нотаріально засвідчений в Нотаріальному відділі Одеського Облсуду від 3 червня 1936 року № 64/1

(Державний архів Одеської області, ф. Р-5023, оп. 1, спр. 33, арк. 115-123).

5 листопада 1944 р. Постанова народних комiсарiв Української РСР «Про поновлення діяльності Українського експериментального інституту очних недуг в м. Одесі»

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 1а, арк. 1-7).

1946-1955 рр. Особова справа академіка Володимира Петровича Філатова

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 1547).

28 лютого 1948 р. Наказ Міністерства охорони здоров’я УРСР «О создании проблемного комитета по республиканской проблеме «Тканевая терапия»

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 28, арк. 69).

7.січня 1948 р. Порядок роботи Першого пленуму Республіканського комітету з проблеми вивчення «Состояния и динамики здоровья населения УССР», який відбувся 2-4 лютого 1948 р.

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 28, арк. 71).

1950 р. Матеріали з підготовки до проведення святкової сесії, присвяченої 75-річчю В.П. Філатова

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 66, арк. 1-6).

1951 р. Листування з кіностудіями про створення науково-популярних фільмів про роботу інституту

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 92).

1953 р. Листування з Міністерством, редакціями журналів і газет з питань видання наукових робіт і статей

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 150).

1953 р. Положення про Український експериментальний інститут очних хвороб імені академіка В.П. Філатова

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 127 а, арк. 12-18).

1954 р. Матеріали Республіканської наукової сесії з проблеми «Борьба со слепотой и глаукомой» (програми, доповіді, резолюції)

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 15).

18-22 серпня 1964 р. Міжнародний симпозіум по кератопластиці, організований Українським науково-дослідницьким експериментальним інститутом очних хвороб і тканинної терапії імені академіка В.П. Філатова у м. Одеса

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 468, арк. 1-12).

1967 р. Справа про наукову діяльність інституту за 1967 рік

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 1551, арк. 1-5).

1967 р. Атестаційна справа Філатова Сергія Володимировича про присвоєння вченого звання старшого наукового співробітника за 1967 рік

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 1552).

1969-1973 рр. Справа про найважливіші наукові досягнення інституту

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 858 а, арк. 1-8).

1974-1976 рр. Матеріали до 100-річчя з дня народження В.П. Філатова (накази, постанови, довідки, листування)

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 893).

23-26 вересня 1985 р. Матеріали Міжнародної конференції офтальмологів м. Одеса

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 1634).

1986 р. Указ Президії Верховної Ради Української РСР «Про нагородження працівників Одеського науково-дослідного інституту очних хвороб і тканинної терапії імені академіка В.П. Філатова Почесною Грамотою та Грамотою Президії Верховної Ради Української РСР» // Відомості Верховної Ради УРСР. -1936. -№ 23 – С. 553-555

(Державний архів Одеської області, бібліотека).

1988 р. Договір про науково-практичну співпрацю в рамках поріднених міст між Одеським науково-дослідним інститутом очних хвороб і тканинної терапії імені академіка В.П.Філатова і окружною спеціалізованою очною лікарнею міста Варна (Болгарія)

(Державний архів Одеської області, ф. Р-7779, оп. 1, спр. 1737, арк. 1-2).